大乘起信论，历来为性宗所依的重要经论之一，大乘佛教的主要宗派如华严、天台、禅、净土等皆深受其影响。但这也是历来争议性颇大的一本书，隋代法经撰《众经目录》，卷五称︰“（大乘起信论）一卷，人云真谛译，勘真谛录无此论，故入疑。”这是最早对本论提出的疑问。唐均正著《四论玄义》，卷十称：“起信论一卷，人云马鸣造。北地诸论师云︰非马鸣造论，昔日地论师造论，借菩萨名行之，故寻翻经目录中无有也，未知定是否。” 这是唐代对本论提出的质疑。

　　清季末年，由于杨仁山的提倡，数十年间，此书风行天下。民国初年，梁启超以日本人研究的结果，译撰为《大乘起信论考证》一书，结论认为此书是我国先民所作，誉之为杰出的思想论著，引为我民族文化之光荣。欧阳竟无、吕秋逸、王恩洋等亦认本论为伪书，欧阳竟无在《杨仁山居士传》中谓：“起信论出，独帜法坛，支离笼统之害千有余年，至今不息。”王恩洋在《大乘起信论料简》一文中更谓：“夫斯论之作，固出于梁陈小儿，无知遍计，亦何深罪！特当有唐之世，大法盛行，唯识法相因明之理，广博精严，甚深抉择，而此论乃无人料简，灵泰、智周之徒，虽略斥责而不探讨，贻诸后世习尚风行。遂致肤浅模棱，剡尽慧命，似教既兴，正法以坠，而法相唯识千余年来遂鲜人道及矣 !”

　　而太虚大师是佛教领袖，八宗并弘，为维护《起信论》在佛教中的地位，乃领导武昌佛学院同仁，各撰文驳斥对方，这就引发了一场“大乘起信论论战”。“内院”、“武院”同人，都参加了这场笔战。《起信论》的问题究竟发生在什么地方呢？起信论之失，在于：“真如缘起万法，且为受熏体”这一部分。按、真如为超言绝虑，不生不灭之理体，而《起信论》谓：“所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名为阿赖耶识。”又谓：“真如净法，实无于染，但以无明而熏习故，则有染相。”如果说真如可与生灭和合，可以受熏，则陷真如于生灭无常之过，那就不成为真如了。欧阳竟无于《唯识抉择谈》一文中谓：“起信论不立染净种子，而言熏习起用，其熏习义亦不成。……其不立正智无漏种子也，则于理失用义，于教失违楞伽……起信无漏种，真如自能离染成净，乃合正智与真如为一，失体亦复失用也。……”

　　事实上，《起信论》确是一部伪书，是北地论师，于地论宗兴起之后，依据菩提留支所译的十卷本《入楞伽经》所造的。在《入楞伽经》中，一方面把如来藏视为同体，一方面又视为异体。在卷七《佛性品》中，一方面直称阿赖耶识为“如来藏阿赖耶识”一方面又谓：“如来藏不在阿赖耶识中，是故七种识有生有灭，如来藏不生不灭。”以上这两种论述，《大乘起信论》继承了其“同体论”，视如来藏与阿赖耶识为一体，包括染净两种因素，故曰：“依如来藏故有生死，依如来藏故得涅槃。”而后来的摄论师受“异体论”的影响，建立九识——于阿赖耶识之外另立清净的庵摩罗识。地论宗兴起，分为相州南道派与相州北道派，这两派在理论上并不一致。有谓，《起信论》之撰述，目的在调和两派理论上的差异。是否如此，尚有待于专家的考证。