在公历纪元前后，印度尼西亚是海上交通的要冲，居民都为印度人，主要信仰婆罗门教。5世纪初，法显去耶婆提（今苏门答腊及爪哇）时，据他著的《佛国记》所载，当地盛行婆罗门教，但亦有少量的佛教。稍后，印僧求那跋摩赴华，路经阇婆时，已见佛教甚为流行。据中国史籍《宋书》、《南史》和《梁书》的记载，5世纪中叶至6世纪上半叶，苏门答腊、爪哇和巴厘等地已广信佛法，崇仰三宝。7世纪末，在苏门答腊地区建立了室利佛逝王国。中国高僧义净往返印度时都在此落脚，据其所述该地大小乘并举；但从出土的文物看，密教系的观世音菩萨和多罗菩萨信仰也很普遍。8世纪初，到中国的印度高僧金刚智，曾在室利佛逝滞留，不空即在阇婆拜金刚智为师。可见8世纪前后大乘佛教特别是密教一系在室利佛逝十分流行。8世纪以后佛教由室利佛逝向马来半岛发展，当地王室都信奉密教，在马来半岛建立了大批密教寺院，民间亦多信奉者。

　　5世纪以后佛教在爪哇广为流传。8～9世纪，在中爪哇建立的夏莲特拉王朝诸王，都信奉大乘佛教与印度教混合的密教，建立了很多寺院，如世界驰名的婆罗浮屠大寺，高达十层，代表十法界，石砌回廊都刻有精美的浮雕，庄严雄伟，是世界美术史上的奇观。

　　10世纪初，室利佛逝的高僧编集了著名的佛教教义书《圣大乘论》。13世纪庚·安禄在东爪哇创建的新诃沙里王朝和14世纪韦阇耶建立的满者百夷王朝都信奉佛教。爪哇佛教是大乘密教和印度教湿婆派的混合物。他们把佛陀和湿婆看作一体，在崇拜的对象中杂有印度教的很多神祗。15世纪伊斯兰教传入爪哇后，佛教和湿婆派的信仰逐渐衰落，以致绝迹。